Hortus Alkmaar stelt zich ten doel bij te dragen aan ontwikkelingen die leiden tot betaalbare en duurzame gezondheidszorg. De stichting levert plantenmateriaal aan de extractenbibliotheek van het kenniscentrum plantenstoffen en aan laboratoria en apotheken. Met zijn grote collectie geneeskrachtige planten kan de hortus van grote betekenis zijn voor de erkenning van de rol van planten in de gezondheidskunde.
Om die reden stelt de hortus zich zo veel mogelijk beschikbaar voor wetenschappelijke projecten. "Er is nog zo veel te ontdekken over nieuwe toepassingen die een bijdrage kunnen leveren aan de gezondheid van mensen en het algemeen welbevinden. Door de kringloop met de mens te maken, kunnen planten weer een bron van genezing zijn."
Er zijn schattingen dat zo’n 80 procent van de wereldbevolking kruiden gebruikt als voornaamste medicijn. Kruiden waren al belangrijk in de prehistorie. De scheikundige revolutie in de 18e eeuw bracht daar verandering in, door de uitvinding van chemische geneesmiddelen. Sindsdien zijn kruiden als medicijn steeds meer op de achtergrond geraakt.
Anno 2018 wordt onder andere gewerkt aan de toepassing van stoffen uit pepers tegen obesitas.