In een samenwerkingsverband tussen de BC Blueberry Council, de Simon Fraser University (SFU) en Phyto Diagnostics Company, ondersteund door Genome BC, is vastgesteld waarom standaard diagnostische testen soms falen in het opsporen van virussen in zichtbaar zieke blauwe bessenplanten. Verwacht wordt dat de resultaten zullen bijdragen aan de ontwikkeling van verbeterde hulpmiddelen voor telers.
British Columbia is verantwoordelijk voor meer dan 90 procent van de Canadese productie van highbush blauwe bessen, een gewas dat in 2019 de meest waardevolle export van landbouw- en tuinbouwproducten uit de provincie was. Twee virussen die een grote bedreiging vormen voor de blauwe bessenteelt zijn het Blueberry Scorch Virus en het Blueberry Shock Virus. Beide virussen infecteren planten, maar vormen geen gevaar voor mensen. Planten geïnfecteerd met Scorch kunnen niet herstellen en moeten verwijderd worden, terwijl planten met Shock na verloop van tijd kunnen herstellen. Omdat beide virussen vergelijkbare symptomen geven, vertrouwen telers op de standaard ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) test om het verschil te herkennen.
© Genome British Columbia
In de afgelopen jaren testten sommige planten met symptomen echter negatief op beide virussen. "We hebben honderden monsters verzameld van velden in de Fraser Valley in 2020 en tot 30 procent van de zieke plantmonsters testte negatief op de virussen waarvan bekend is dat ze blauwe bessen kunnen aantasten. Deze onduidelijke resultaten zorgden voor onzekerheid onder onze telers", aldus dr. Eric Gerbrandt, onderzoeksdirecteur bij de BC Blueberry Council en medeverantwoordelijk voor het project.
Om dit probleem aan te pakken, gebruikte het onderzoeksteam, onder leiding van dr. Jim Mattsson van het SFU-departement Biologische Wetenschappen, genoomsequencing om monsters van geïnfecteerde planten in heel British Colombia te analyseren. De sequentieanalyse toonde aan dat de bestaande Shock- en Scorch-virussen geëvolueerd zijn tot nieuwe varianten, wat verklaart waarom de standaard ELISA-testen deze niet konden opsporen. Ook werden er vier nog niet eerder ontdekte virussen geïdentificeerd, maar de onderzoekers concludeerden dat deze geen ziektes veroorzaken bij blauwe bessen en geen bedreiging vormen voor de telers.
Op basis van deze bevindingen worden er nu verbeterde diagnostische hulpmiddelen ontwikkeld. Deze omvatten een geavanceerde ELISA-test voor nieuwe virusvarianten en gevoeligere PCR-tests die lagere niveaus van Shock- en Scorchvirussen kunnen identificeren. De PCR-testen zijn bedoeld als aanvulling op ELISA-testen, in het bijzonder voor de controle van jonge planten voorafgaand aan hun aanplant in nieuwe velden.
"Deze virussen vormen een van de grootste economische uitdagingen waar we mee te maken hebben en dit onderzoek heeft geholpen de kennis bij telers te vergroten, zodat zij geïnfecteerde velden beter kunnen beheren," zegt Gerbrandt.
De aangepaste diagnosehulpmiddelen zullen naar verwachting beschikbaar zijn voor telers tegen het volgende groeiseizoen.
Voor meer informatie:
Genie Tay
Genome British Columbia
Tel: +44 604 895 0663
[email protected]
www.genomebc.ca
