De stofwisseling werd op verschillende momenten onderzocht: voor en na het zogenaamde 'breaker point', oftwel de dag waarop de vrucht door een zichtbare kleurverandering in het rijpingsproces terecht komt. Bij tomaten komen er precies op deze dag enorme hoeveelheden ethyleen vrij. Het gasvormige fytohormoon ethyleen activeert zijn eigen synthese zodra de plant van buiten met ethyleen in aanraking komt. Twee enzymen spelen een centrale rol bij de synthese van ethyleen: ACC-synthase en ACC-oxidase. Tijdens het rijpingsproces produceren narijpende tomatenvruchten veel meer van deze enzymen, wat een steeds groter wordend ethyleenniveau tot gevolg heeft. Het ethyleen brengt in de tomaten vervolgens een signaalcascade op gang die tot de rijping van de vruchten leidt. Groene chloroplasten worden zo gekleurde chromoplasten, de harde celwanddelen worden afgebroken, suiker wordt gevormd en het voedingsstofgehalte verandert.
Bij paprika's en Spaanse pepers ligt dit anders. „Het ziet er naar uit dat ethyleen geen enkele invloed heeft op de genexpressie of de stofwisseling van de Spaanse peper en paprika,” aldus dr. Alisdair Fernie, groepsleider van het onderzoeksteam. Merkwaardig genoeg waren genen een stuk verder in de ethyleen-signaalketen wel in grotere mate actief. „De genen voor de afbraak van de plantaardige celwand of de carotenoïde biosynthese werden tijdens het normale rijpingsproces aan de plant zowel bij tomaten als ook bij paprika's in grotere mate gevormd,” verklaard Fernie. De onderzoekers zijn nog op zoek naar het molecuul dat bij paprika's en andere niet-narijpende vruchten het rijpingsproces tegen gaat.