Het Vlaams Federaal Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV) adviseert overschakeling op Whole Genome Sequencing (WGS) voor de opsporing van voedselgebonden uitbraken en bacteriƫle risico-evaluatie. Diverse momenteel gangbare technieken zijn volgens het FAVV 'aan het uitdoven'. WGS is bij uitstek geschikt voor onder meer detectie van Salmonella en E.coli.